细菌和病毒都是微生物，地球上最小的生命形式。
最最基本的区别是：病毒是无细胞结构的，而细菌是有细胞结构的。
事实上，病毒是不是属于生物，其实是有争议的。
生物的基本要求就是有细胞结构。因此，细菌毫无疑问是属于生物的概念。但是病毒没有细胞结构，所以很多年来，学术界也争议很大。
细菌可以是无害甚至有益于人体健康的，是可以独立生存的。而病毒存在的目的就是复制自己，所以它不感染宿主就没有存在的意义。
百分之九十九的已知细菌对人类有益或至少无害。它们每天都在分解有机物并摧毁有害寄生虫。只有一小部分细菌被认为对人体有害，如链球菌和大肠杆菌等。
然而，大多数病毒没有好处。它们的唯一使命是产生更多病毒，以确保种群存活。在病毒进入人体时，会寻找可接受的宿主细胞，并在没有警示的情况下抓住它。一旦细胞破裂，数千个新病毒会向其它健康细胞重复同样的过程。在身体自然防御机制发现入侵者后，病毒有可能已经明显控制重要器官和组织。人类免疫缺陷病毒（HIV）和埃博拉病毒就是危险病毒的实例。
细菌是活的，意味着它们能被某种化学剂杀死。抗生素是能杀死细菌的化合物，摧毁它们的细胞壁或抵消其繁殖能力。相信很多人都熟悉青霉素这种物质，弗莱明发现青霉素后用这种物质对抗细菌感染，拯救了无数人，而今天我们已经拥有了诸多抗生素，可以对细菌进行针对性的处理。
相对来说，病毒不被视为活物。它们不能像抗生素杀死细菌一样被杀死，因为病毒已经进入了我们的细胞结构，如果用对付细菌的方法的话，那有可能杀伤我们的正常细胞。实际上，治疗病毒感染通常是不治疗，我们不能直接从人体清除病毒。疾病必须走完其过程，直到身体自身成功抵御它为止。当然也存在抗病毒治疗，工作原理是阻断病毒自身的破坏性方法。
抗病毒药物并不是对所有病毒都有效，这也是艾滋病和埃博拉病毒等疾病仍然影响很多人的原因所在。